Het Amerikaanse ministerie van Landbouw heeft deze week een ongepubliceerde versie vrijgegeven van zijn genetische analyse van de verspreiding en verspreiding van vogelgriep onder Amerikaans melkvee, die het meest complete beeld tot nu toe biedt van de gegevens die staats- en federale onderzoekers hebben verzameld over de onverwachte en verontrustende uitbraak – en wat het zou kunnen betekenen.
Analyse van de preprints levert verschillende belangrijke inzichten op over de uitbraak: vanaf het moment dat deze daadwerkelijk begon, hoeveel overdracht we nog missen, de verrassende onbekendheden over de enige menselijke infectie die verband houdt met de uitbraak, en hoeveel het virus zich blijft ontwikkelen bij koeien. De informatie is van cruciaal belang omdat griepexperts vrezen dat de uitbraak het altijd aanwezige risico vergroot dat dit lastige griepvirus zich zal ontwikkelen en zich onder mensen zal verspreiden en een pandemie zal veroorzaken.
Het was echter niet eenvoudig om informatie te verkrijgen. Sinds 25 maart – toen de USDA voor het eerst bevestigde dat een kudde Amerikaanse melkkoeien besmet was met het hoogpathogene H5N1-vogelgriepvirus – heeft het agentschap internationale kritiek gekregen omdat het de gegevens niet snel of volledig heeft gedeeld. Op 21 april dumpte het bureau onder druk van externe experts meer dan 200 genetische sequenties in openbare databases. Veel van deze sequenties ontberen echter beschrijvende metadata, die meestal fundamentele en cruciale stukjes informatie bevatten, zoals wanneer en waar het virale monster is genomen. Externe deskundigen beschikken niet over die cruciale informatie, waardoor onafhankelijke analyse frustrerend beperkt is. Daarom biedt de nieuwe USDA-analyse – die deze gegevens waarschijnlijk bevat – het beste inzicht in het volledige beeld van de uitbraak.
Onopgemerkte verspreiding
Een van de belangrijkste bevindingen is dat USDA-onderzoekers denken dat de verspreiding van de vogelgriep van wilde vogels naar vee eind vorig jaar begon, waarschijnlijk in december. Het virus circuleerde dus waarschijnlijk ongeveer vier maanden onopgemerkt onder melkkoeien voordat de USDA op 25 maart de infectie in de kudde in Texas bevestigde.
Deze tijdlijnconclusie komt grotendeels overeen met wat externe deskundigen die eerder zijn verzameld op basis van beperkte openbaar beschikbare gegevens. Dus dat zal degenen na de uitbraak misschien niet verbazen, maar het is wel zorgwekkend. De maanden van onopgemerkte verspreiding doen grote zorgen rijzen over het vermogen van het land om opkomende uitbraken van infectieziekten te identificeren en er snel op te reageren – en of de reacties op het gebied van de volksgezondheid verder zijn gegaan dan de misstappen die we in de vroege stadia van de COVID-19-pandemie hebben gezien.
Maar een andere grote bevinding uit de preprint is hoeveel hiaten er nog steeds bestaan in ons huidige begrip van de uitbraak. Tot nu toe heeft de USDA 36 kuddes in negen staten geïdentificeerd die besmet zijn met het H5N1-virus. Het goede nieuws uit genetische analyse is dat de USDA lijnen kan trekken die de meeste van hen met elkaar verbinden. USDA-onderzoekers meldden dat “directe verplaatsing van vee op basis van productiepraktijken” lijkt te verklaren hoe H5N1 van de Texas Panhandle-regio – waar vermoedelijk de eerste overloop heeft plaatsgevonden – naar negen andere staten is gesprongen, sommige zelfs tot North Carolina, Michigan en Idaho.
Vermeende transmissieroutes van HPAI H5N1 clade 2.3.4.4b genotype B3.13 ondersteund door epidemiologische verbanden, dierbewegingen en genomische analyse. [/ars_img]Het slechte nieuws is dat de lijnen die de kuddes met elkaar verbinden niet solide zijn. Er zijn lacunes waar de genetische gegevens suggereren dat ongeïdentificeerde overdracht heeft plaatsgevonden, misschien bij niet-bemonsterde koeien, misschien zelfs bij andere dieren. De genetische gegevens maken duidelijk dat zodra deze variant van de vogelgriep – H5N1-clade 2.3.4.4 genotype B3.13 – op vee terechtkomt, deze zich gemakkelijk naar andere zoogdieren kan verspreiden. Genetische gegevens koppelen virussen van runderen die vele malen naar andere dieren zijn verhuisd: er zijn vijf sprongen geweest van rundvee naar pluimvee, één keer van rundvee naar wasberen, twee gevallen waarbij het virus van rundvee op huiskatten is overgegaan, en drie keer toen de virus van vee terugstroomde naar wilde vogels.
“We kunnen de mogelijkheid niet uitsluiten dat dit genotype circuleert op niet-bemonsterde locaties en gastheren, omdat bestaande analyse suggereert dat ontbrekende gegevens en onvoldoende toezicht de overdracht kunnen verdoezelen die is afgeleid met behulp van fylogenetische methoden”, schreven de USDA-onderzoekers in hun preprint.